将遗传信息与EMR结合以查明儿童癫痫病

费城，2020年8月11日-CHOP癫痫神经遗传学计划(ENGIN)旗下的费城儿童医院(CHOP)的一组研究人员通过系统地将遗传信息与电子病历联系起来，进一步弥合了基因组信息和临床结果数据之间的鸿沟，关注儿童遗传神经系统疾病如何随时间发展。研究结果发表在“医学遗传学”杂志上。

在过去的十年中，已经发现了200多种癫痫病的遗传原因。高达30%的发育性和癫痫性脑病(DEE)，严重的脑部疾病(可能导致侵略性癫痫发作，认知和神经功能障碍，在某些情况下还包括早期死亡)中发现了遗传变化。鉴定致病基因通常是改善治疗的第一步，因为许多患有这些疾病的儿童对目前的治疗方法没有反应。

即使在集体中很普遍，每个病因基因仅占总患者人数的1%或更少，这常常使得难以生成足够的临床信息来向家庭及其提供者提供有关这些病情随时间如何发展的可靠信息。此外，虽然以标准化方式收集基因组数据，但患者的表型(可能包括癫痫发作或发育障碍的一系列临床发现)历来没有以相同的方式收集。

将基因组数据与电子病历(EMR)联系起来的大型计划已经在进行中，以确定如何将现有的遗传数据与缺乏有关临床结果的信息联系起来。但是，由于这些举措相对较新，因此尚未探讨EMR在研究引起疾病的遗传变化如何在更长的时间内影响患者的作用。

CHOP癫痫神经遗传学倡议(ENGIN)的主治医师，ENGIN和这项研究的首席研究员。“这非常重要，因为我们需要了解遗传性脑疾病儿童，尤其是遗传性癫痫病儿童随时间推移而发展的临床特征。利用我们开发的技术，我们可以利用电子病历中的可用数据来弥合遗传与结果之间的鸿沟。”

在这项研究中，包括658名患有已知或推测的遗传性癫痫的个体中的62,104名患者。为了标准化临床观察，CHOP研究人员使用了人类表型本体论(HPO)，该目录提供了标准化格式来表征患者的表型特征，包括神经系统发现，并允许通过数据科学技术处理临床信息。结果总共产生了286,085个HPO术语，然后将它们分为100个三个月的时间间隔，研究人员在每个间隔评估基因-表型的关联。

研究小组确定了癫痫的各种已知遗传原因之间的显着关联，包括癫痫持续状态与1岁时的SCN1A基因。癫痫持续状态是一种危险状况，其中癫痫发作持续超过五分钟或短时间随访，而两次发作之间没有完全恢复。研究小组还发现10岁时PURA基因严重智力障碍与6个月时STXBP1基因婴儿痉挛有关。这些关联反映了通过自动分析框架评估的每一种疾病的已知临床特征，该框架评估了3200多个观察患者的年，远远超出了可以通过手动图表审查获得的临床数据。

小儿神经科医师Sudha Kilaru Kessler医学博士说：“随着新的精确疗法的出现，了解稀有遗传性癫痫病的自然病史的迫切需求。”区域性癫痫计划。“电子病历是了解一段时间以来极少出现的疾病的未开发资源，这将使我们能够将这些信息纳入我们的临床实践中。最后，这些工具将使我们能够开发临床决策支持并通过以下方式学习卫生系统改善患者生活的最终目的。”